卵子质量是决定胚胎质量的关键因素之一。女性年龄增长会招致卵巢功能衰退，卵子质量随之下降，出现染色体异常的概率增加，逻辑推演后影响胚胎的健康。进一步说，女性的生殖系统疾病如多囊卵巢综合征、子宫内膜异位症等，也会对卵子质量造成不利影响。生活方式因素如压力过大、饮食不均衡、缺乏运动等，同样会影响卵子的质量。实验室环境对胚胎培养至关重要。温度、湿度、二氧化碳浓度等条件若控制不当，将影响胚胎的生长。需补充的是，培养液的选择与更换频率也会影响胚胎的质量。
实验室技术人员的操作技能和经验也是不可忽视的因素，技术失误或操作不当可能触发胚胎受损。母体的身体状况对胚胎着床和后续发育有着重要影响。慢性疾病如糖尿病、高血压等，以及免疫系统异常，都可能成为胚胎发育的障碍。母体的营养状态、激素水平等也是影响胚胎质量的因素之一。例如，维生素D缺乏、甲状腺功能异常等，都会对胚胎产生不利影响。遗传因素在胚胎质量中占有重要位置。如果父母双方携带某些遗传病基因，或者存在染色体结构异常，这些遗传缺陷将直接传递给胚胎，致使胚胎发育异常或流产风险增加。
于是，在进行试管婴儿前，进行遗传咨询和相关检查是非常必要的。